游戏起始于余杭镇上一家小客栈。主角李逍遥自幼与婶婶相依为命，直至一群黑苗族的苗人出现，生活发生了翻天覆地的变化。苗人挟持婶婶，诱骗李逍遥前往仙灵岛，打破其上的机关。这一事件成为李逍遥踏上江湖武侠之路的起点。
关于手机版和电脑版的区别
手机版的剧情相对简短，通常在救得赵灵儿后即告完结。而电脑版则拥有更为丰富的后续剧情，为玩家呈现了一个更为广阔的江湖世界。
隐藏剧情说明
95/98版的新仙剑奇侠传并无隐藏剧情，玩家们只需按照主线任务推进即可通关。网上流传的所谓隐藏剧情实际上是01年版本才新增的内容。原98版中的青龙碧血玉、聚宝盆等道具都不可获取，另外，李逍遥在梦境中遇到的剧情，在98版的后续故事中并无对应的梦境情节。
电脑版操作指南
- 方向键：用于角色移动
- 空格：触发对话
- Enter键：调查物品或环境
- Ctrl键：选择菜单选项
- Alt键+TAB键：切换至Windows桌面
- Win键：暂停游戏
- Q键：退出游戏（平时/战斗时）/逃跑（战斗时）
- W键：装备物品/投掷物品
- E键：使用物品/使用物品
- S键：查看角色状态
- F键：使用最强仙术
- D键：防御
- A键：自动普通攻击（可按Esc键结束）
- R键：重复上一回合的攻击
游戏开始
随着一段剧情的推进，李逍遥的江湖之旅正式开始。
仙灵岛
被婶婶唤醒后，李逍遥准备接待客人。这是游戏开始时收集的一些物品，为后续剧情打下基础。
【图1】客栈外观 【图2】客栈客房
（物品探索）
从现在开始，务必收集所有找到的物品，至少保留一个。
剧情推进
下楼后，遇到酒鬼堵住门口，得知他需要酒。李逍遥回厨房找婶婶，送上一桌酒菜，无奈酒不对他胃口，李逍遥只好把酒收入怀中。
【图3】李逍遥与醉汉交流
婶婶叫李逍遥去菜市场买鲜鱼，并给了他50文钱。
【图4】余杭盛鱼村
支线剧情
在客栈门口不远处与秀兰对话，之后与香兰对话，最后再次与秀兰对话，即可获得秀兰的布鞋。继续与香兰交流，再找秀兰，会得知麻袋的事情。
【图5】秀兰与香兰
【图6】获得布鞋
【图7】水果收集
【图8】糯米获取
【图9】王小虎家
菜市场
【图10】菜市场
图中位置调查可得水果，右下角位置调查可得止血草。右下角房屋人家，调查可得烧肉。
准备离开
在铁匠铺购买短刀和护肩，并装备上。询问卖鱼的人及码头的船夫张四，得知因风浪大而无法捕鱼。再向码头的水生叔询问，得知仙灵岛上有仙女出现。
苗人出现
回到客栈，香兰告知婶婶病倒了。到婶婶房间询问小虎子，得知仙灵岛上有仙药可治婶婶的病。客栈门口遇见苗人头子，告知了仙灵岛迷阵的走法，并给了一把破天锤和让李逍遥服下一颗丹丸（忘忧散）。到码头找张四，乘船前往仙灵岛。
提示
去仙灵岛前先去一趟洪大夫家，可拿一棵灵山仙芝。刚到仙灵岛时，跟张四交流可得行军丹。
【图11】仙灵岛迷宫地图
本地怪物
【图12】绿色小妖
【图13】绿叶妖精
仙灵岛探险
打碎所有石像后，回到平台踩发光板子，出现通路，进入仙灵洞天。观音石像刻着字——苦海无涯，回头是岸。
【图14】仙灵洞
在仙灵岛莲花池可以看到灵儿洗澡，但回去时却发现灵儿不见了。得知来意后，灵儿进入水月宫取得紫金丹。
【图15】水月宫
在丹药处遇到灵儿，拿到丹药后出水月宫遇到佬佬，幸得灵儿以贞节相救，保住性命。但要娶灵儿为妻并留在水月宫。与灵儿一段对话后，天亮了。在灵儿相助下，逃出了仙灵岛。
回到客栈
回到客栈拿紫金丹医治婶婶，之后昏倒。醒来后却记不起仙灵岛之事（忘忧散作用！）。夜晚在床上辗转难眠，想起山神庙之约，从密道出客栈。
后续剧情
去香兰家，帮她找到洪大夫给她爹医治。
十里坡
前往十里坡，遇到酒剑仙，学得御剑术。
客栈遭遇
回到客栈被大骂一顿，并得知房间已租给神秘的苗人。从柴房的绳子密道到房间，打开麻袋发现是一女孩（灵儿），但也惊动门外的人，两三下就摆平了苗人。打赢后进入对话，也得知灵儿为什么被绑，把灵儿送回苗疆找母亲并提亲。
【图16】苗人头领被婶婶击败
水月宫
与姥姥对话，姥姥死前把灵儿托给逍遥照顾。埋了姥姥回到客栈，解决苗人。婶婶要逍遥陪灵儿去苗疆找母亲并提亲。这才得知，昨晚灵儿把在仙灵岛的事情告诉婶婶，而逍遥仍一头雾水。和灵儿对话后，开始展开千里寻母的路程。
